Menstruacja to fizjologiczne zjawisko polegające na cyklicznym złuszczaniu się nabłonka macicy (endometrium) pod wpływem zmian stężenia hormonów płciowych (estrogenów i progesteronu), wynikających z układów wzajemnych sprzężeń zwrotnych między jajnikami, przysadką mózgową i podwzgórzem. Menstruacja występuje, jeżeli nie nastąpiło zapłodnienie uwalnianego raz na miesiąc jajeczka. Wówczas błona macicy obumiera i zostaje wydalona wraz z krwią przez pochwę, zanim przeistoczy się w toksynę. W ten sposób organizm oczyszcza się.
Menstruacja jest bardzo intensywnym procesem oczyszczania organizmu, dlatego w tym czasie kobiety często odczuwają różne dolegliwości utrudniające normalne funkcjonowanie (bóle podbrzusza, odcinka lędźwiowego, krzyżowego, zawroty i bóle głowy, nudności, ogólne osłabienie organizmu, nadpobudliwość i zmienność nastrojów). Sprawne działanie układu podwzgórze - przysadka - jajnik  pozwala na zachowanie regularności krwawień i równowagi hormonalnej. 

Jeżeli kobieta wykorzystuje ten czas na wypoczynek, wspierając świadomie proces oczyszczenia, organizm regeneruje się i odnawia. Podczas menstruacji należy unikać dużego wysiłku fizycznego - gwałtownego, wyczerpującego treningu – biegania, skakania, akrobatyki, ćwiczeń siłowych, tenisa, siatkówki, koszykówki, intensywnych czy siłowych zajęć fitnessowych w bardzo szybkim tempie i z dużą ilością podskoków, itp. Duży wysiłek fizyczny ma wpływ na działanie układu hormonalnego, często powoduje zaburzenia osi podwzgórze–przysadka–jajnik i osi podwzgórze–przysadka–nadnercza. Takie treningi mogą nasilać zespół napięcia przedmiesiączkowego, powodować silne bóle podczas miesiączki, prowadzić do zaburzeń miesiączkowania, hiperkortyzolemii i hiperandrogenemii, hipoestrogenizmu, osteopenii. Wiele kobiet, zamiast spędzić te dni w sposób bardziej relaksujący, a wysiłek fizyczny odłożyć na później, mniej lub  bardziej świadomie ignoruje menstruację, postępując bez uznania i poszanowania dla zdrowia i swojej kobiecej natury.

Tak więc, podczas menstruacji polecane są zajęcia mniej wysiłkowe, a wspomagające proces oczyszczania, jak joga (w wersji uwzględniającej menstruację, bo wbrew pozorom joga jest bardzo wymagającą formą ruchu), spacer, spokojna jazda na rowerze, itp.

Na czas menstruacji (za koniec okresu przyjmuje się 8 godz. po ostatnim plamieniu) zaleca się zaprzestania normalnej praktyki jogi, nawet jeśli kobieta nie odczuwa żadnego dyskomfortu podczas asan. Problemy z menstruacją wynikają bardzo często z nierównowagi hormonalnej. Poprzez odpowiednią praktykę menstruacyjną zachowujemy tą równowagę. Podczas miesiączki organizm zużywa swoją energię na procesy oczyszczania i poprzez odpowiedni dobór asan można go w tym wpierać, a nie eksploatować. Ponadto, wybierając łagodniejszą praktykę, pozostajemy w zgodzie ze swoją kobiecością, akceptując i szanując trudniejsze dni, oraz nie naruszając jednej z zasad jogi - niekrzywdzenia - w stosunku do samych siebie.

Joga łagodzi wiele dolegliwości związanych z menstruacją. Pewne asany są szczególnie polecane kobietom w czasie menstruacji, ze względu na ich dobroczynne działanie - rozciągają i regenerują organy miednicy, rozluźniają organy brzucha, łagodzą skurcze, poprawiają cyrkulację krwi w dolnej części brzucha, a tym samym funkcjonowanie jajników, zmniejszają opuchlizny ciała, regulują poziom cukru we krwi, likwidują zmęczenie, senność, zmniejszają obrzęk piersi i zapalenie organów genitalnych, wzmacniają stabilność emocjonalną, pomagają przezwyciężyć depresję, zmniejszają bezsenność. Pozycje polecane to wszystkie pozycje z rozszerzonymi nogami - leżące, siady i stojące - z podparciem.

W czasie okresu możliwa jest praktyka na "normalnych" grupach, ale wówczas pewnych asan jako zabronionych nie wykonuje się wcale, zamiast nich wykonuje się inne zamiennie. Ponadto często dozwolone asany wykonuje się w zmodyfikowanych łagodniejszych wariantach. Asany dozwolone nie wywołują skutków negatywnych, ale też nie działają jakoś szczególnie wspomagająco na oczyszczanie organizmu.

W czasie menstruacji zabronione są te pozycje, które uniemożliwiają lub utrudniają proces oczyszczania, które napinają czy ściskają brzuch, lub w inny sposób wzmagają gorąco w dole brzucha (brzuch ma pozostawać rozluźniony i ma być przestrzeń w miednicy). Tak więc nie praktykuje się pozycji odwróconych, nie należy wykonywać skrętów "zamkniętych", ćwiczeń na mięśnie brzucha, balansów, asan z nogą/nogami do góry, mocnych wygięć. Nie należy wykonywać ćwiczeń dynamicznych np. tzw. powitania słońca i skoków, żeby w tym czasie nie "szarpać" organami brzucha. Ze względu na to, że w tym szczególnym czasie ciało jest osłabione, najlepiej wykonywać pozycje stojące przy ścianie, a pozycje leżące – z podpartym tułowiem, pozycje w których nogi są razem – z nogami na szerokość bioder, skłony – z głową podpartą, żeby rozluźniać głowę, ze względu na towarzyszące bóle głowy. W pozycjach siedzących siadać wyżej, żeby organy brzucha nie opadały, tylko się unosiły.
W zależności od zdrowia i samopoczucia kobiety, zaawansowania i świadomości w praktyce, świadomości własnego ciała, przebiegu menstruacji, praktyka wygląda inaczej. Każda kobieta jest odpowiedzialna za swoje decyzje, winna obserwować własne ciało i świadomie poszukiwać najlepszej dla siebie drogi w praktyce jogi.